为分析转基因水稻外源基因拷贝数，利用新型、灵敏、高通量的实时荧光定量PCR方法进行转基因水稻外源基因拷贝数的分析。转基因外源基因的拷贝数通过转基因水稻外源基因(GUS和HPT基因)和水稻内标准SPS基因含量的比较计算获得。定量分析了14株T0代的转基因水稻植株，得到了外源基因插入分别为1、2、3和4的转基因植株，同时利用Southern Blot方法进行验证分析。随机选择18个已经过定量PCR检测分析的转基因水稻植株，用Southern Blot的方法分析转基因水稻植株中的HPT或GUS基因的拷贝数，Southern Blot分析结果显示有15个转基因水稻植株的分析结果与定量PCR分析的结果是一致的，3个植株定量PCR分析的转基因拷贝数稍高于Southern Blot的分析结果，主要原因是Southern Blot方法在同一个插入位点有多拷贝的T-DNA片段插入时，转基因植株的基因组在完全酶切时会产生相似的DNA片段，电泳分析时很难分辨清楚。定量PCR方法则完全避免了这种情况的发生，除非目的基因DNA片段在PCR引物处发生断裂。两种方法分析结果的比较显示定量PCR方法分析转基因拷贝数更加有效、适用。